Croatian(HR)English (United Kingdom)
23.07.2014. RADIONICA "MOLEKULSKO MODELIRANJE"

Cilj ove radionice bio je upoznati istraživače čiji se rad temelji na eksperimentalnim pristupima, s komplementarnim, in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), te njihovoj primjeni u istraživanju raka. Na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih spojeva, modeliranje (kvantitativnog) odnosa strukture i reaktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion). Uz kratki opis temeljnih pretpostavka i teorijske pozadine prikazani su konkretni primjeri iz prakse. U sklopu radionice polaznici su praktično sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također su bili upoznati s programina za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, VMD, Pymol). Radionicu su vodile dr. sc. Višnja Stepanić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koje u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju intrekacije kemijskih spojeva s biološkim molekulama proteinima i nukleinskim kiselinama u cilju razumijevanja njihovih mehanizama (npr. DPP III) i dizajna novih lijekova.

 Program:

09:00-09:45 Molekulsko modeliranje – što je to?
Višnja Stepanić, IRB
09:45-10:30 Komparativno modeliranje proteina. Molekulska dinamika.
Sanja Tomić, IRB
10:30-11:00 Pauza za kavu (pokrovitelj HDIR)
11:00-11:45 Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula.
Višnja Stepanić, IRB
11:45-12:30 Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti / svojstava kemijskih spojeva. Kontinuirani modeli. 1D-4D.
Sanja Tomić, IRB
12:30–13:00 Klasifikacijski modeli. ADME. Molekularna sličnost.
Višnja Stepanić, IRB
13:00-14:00 Pauza
14:00-15:00 Crtanje kemijskih spojeva i pretraživanje baza podataka s biološkim aktivnostima.
Višnja Stepanić, IRB
15:00-16:00 Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina/DNA preko Interneta. Vizualizacija i analiza kompleksa.
Sanja Tomić i Višnja Stepanić, IRB

 

Radionica se održala na Institutu "Ruđer Bošković" u računalnoj učionici knjižnice V. krila, u srijedu, 23. srpnja 2014. g.

Fotogalerija