Croatian(HR)English (United Kingdom)
24.-25.10.2019. RADIONICA "UVOD U MOLEKULSKO MODELIRANJE" Ispis

I ove godine HDIR za širu znanstvenu zajednicu organizira praktičnu radionicu na temu molekulskog modeliranja. Cilj radionice je upoznati istraživače koji u svom radu koriste eksperimentalne metode, s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), posebice s njihovom primjenom u istraživanju molekularnih osnova bolesti.

Prvi dan na radionici će biti predstavljene neke od metoda MM-a koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, komparativno modeliranje proteina i virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva. Također će biti obrađeno i modeliranje odnosa strukture i aktivnosti (engl. Structure-Activity Relationship, SAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME/Tox (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology) obilježja kemijskih spojeva uz primjenu raznih metoda uključujući metode strojnog učenja. Uz kratki opis temeljnih pretpostavki i teorijske pozadine, bit će dani konkretni primjeri iz prakse. Drugi dan polaznici će sudjelovati u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Bit će upoznati i s upotrebom programa za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa, te molekulsko uklapanje liganada u ciljnu makromolekulu (ChemAxon, Pymol, VMD).

Radionicu vode dr. sc. Višnja Stepanić, mr. sc. Luka Bilić, mr. sc. Sara Matić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković koji u svom radu primjenjuju metode MM-a u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog biološkog djelovanja i dizajna novih spojeva.

Radionica će se održati u četvrtak i petak, 24. i 25. listopada 2019. g. u računalnoj učionici knjižnice V. krila Instituta Ruđer Bošković (Bijenička 54, Zagreb) s početkom u 9:30 h.


Program

24.10.2019.
09:30-10:15  Molekulsko modeliranje – što je to? Višnja Stepanić
10:15-10:45  Pauza za kavu
10:45-11:30  Molekulska dinamika. Komparativno modeliranje proteina. Luka Bilić
11:30-12:30  Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula. Višnja Stepanić
12:30-13:30  Pauza za ručak
13:30–14:30  Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti / svojstava kemijskih spojeva. Kvantitativni modeli. 1D-4D. Sanja Tomić
14:30-15:30
 Klasifikacijski modeli. ADME. Molekularna sličnost. Višnja Stepanić
25.10.2019.
09:30-11:00  Crtanje kemijskih spojeva i pretraživanje baza podataka s biološkim aktivnostima. Višnja Stepanić
11:00-11:30  Pauza za kavu
11:30-13:00  Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina / DNA preko interneta. Vizualizacija makromolekula. Sanja Tomić, Sara Matić
13:00-14:00  Pauza za ručak
14:00-15:30
 Vizualizacija i analiza kompleksa. Molekulsko uklapanje. Luka Bilić

 

Obzirom na broj računala u učionici, broj sudionika na radionici je ograničen na 16 te je obavezna registracija preko obrasca. Sva su mjesta trenutno popunjena!

Za sudjelovanje na radionici potrebno je uplatiti kotizaciju u iznosu od 100 kn na račun HDIR-a:

Primatelj: HDIR, Bijenička 54, 10000 Zagreb

IBAN primatelja: HR5023600001102084564 (Zagrebačka banka)

Opis plaćanja: Vaše ime i prezime, MM radionica 2019.

Kotizacija uz samo sudjelovanje na radionici i potvrdu o sudjelovanju pokriva oba dana pauzu za kavu i ručak u društvenom domu na Institutu Ruđer Bošković (MIBRA).