Tehonologija proteinskih mikročipova

Cilj ove radionice je upoznavanje novih tehnologija u istraživanju raka. Microarray tehnologija započeta DNA mikročipovima proširila se i na istraživanja proteina. Danas su čipovi komercijalno dostupni i omogućavaju dobivanje velikih količina podataka u kratkom vremenu. S druge strane, rutinska proizvodnja proteinskih mikročipova složenija je zbog heterogenosti i osjetljivosti samih proteina. Proizvodnja velikog broja različitih proteina u kulturama bakterija, kvasaca ili stanica insekata, za naknadnu imobilizaciju na površini mikročipa, dugotrajna je i skupa; uz to, postavlja se i problem stabilnosti proteina tijekom skladištenja. Razvijeno je nekoliko metoda koje zaobilaze navedene korake a jedna od njih je i 'Multiple Spotting Technique' (MiST). Ovaj eksperimentalni pristup uključuje imobilizaciju plazmidne DNA (s genom za željeni protein) na površinu čipa, te transkripciju i translaciju vezane DNA korištenjem 'cell free' sustava in situ, dakle na površini mikročipa.

Radionicu je osmislio i vodio dr. sc. Robert Belužić iz Grupe za translacijsku medicinu s Instituta Ruđer Bošković, koja raspolaže zbirkom ljudskih gena (>13.500 otvorenih okvira čitanja) te robotiziranim pisačem za proizvodnju čipova. Postojeći kapaciteti omogućuju da se na površinu od nekoliko cm2 imobilizira više tisuća različitih gena te u sljedećem koraku paralelno proizvede isti broj različitih proteina. Nadalje, ovakvi mikročipovi mogu se koristiti za ispitivanje interakcija među proteinima, vezanja DNA i proteina itd.

U sklopu ove radionice polaznici su se upoznali s teorijskom pozadinom ove tehnike i njenim primjenama, kao i praktično sudjelovali u pripremi uzoraka, tiskanju mikročipa te analizi i interpretaciji rezultata.

Program: