12/2/2020
Date of the event: 12/2/2020
Radionica o komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja
I ove je godine HDIR za širu znanstvenu zajednicu organizirao praktičnu radionicu na temu molekulskog modeliranja. Cilj radionice bio je upoznati istraživače koji u svom radu koriste eksperimentalne metode, s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), posebice s njihovom primjenom u istraživanju molekularnih osnova bolesti.
Prvi dan na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM-a koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, komparativno modeliranje proteina i virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva. Također je bilo obrađeno i modeliranje odnosa strukture i aktivnosti (engl. Structure-Activity Relationship, SAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME/Tox (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology) obilježja kemijskih spojeva uz primjenu raznih metoda uključujući metode strojnog učenja. Uz kratki opis temeljnih pretpostavki i teorijske pozadine, bili su dani konkretni primjeri iz prakse. Drugi dan polaznici su sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Bili su upoznati i s upotrebom programa za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa, te molekulsko uklapanje liganada u ciljnu makromolekulu (ChemAxon, Pymol, VMD).
Radionicu su vodili dr. sc. Višnja Stepanić, mr. sc. Luka Bilić, mr. sc. Sara Matić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković koji u svom radu primjenjuju metode MM-a u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog biološkog djelovanja i dizajna novih spojeva.
Radionica je održana virtualno u četvrtak, petak i ponedjeljak, 3., 4. i 7. prosinca 2020. g. s početkom u 9:30 h. Program
3.12.2020.
| 09:30-10:15 | Molekulsko modeliranje – što je to? Višnja Stepanić |
|---|---|
| 10:15-10:45 | Pauza |
| 10:45-11:30 | Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula. Višnja Stepanić |
| 11:30-12:30 | Molekulska dinamika. Komparativno modeliranje proteina. Luka Bilić |
| 12:30-13:30 | Pauza |
| 13:30–14:30 | Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti / svojstava. Kvantitativni modeli. 1D-4D. Sanja Tomić |
| 14:30-15:30 | Klasifikacijski modeli. ADME. Molekularna sličnost. Višnja Stepanić |
4.12.2020.
| 09:30-11:00 | Crtanje kemijskih spojeva i pretraživanje baza podataka s biološkim aktivnostima. Višnja Stepanić |
|---|---|
| 11:00-11:30 | Pauza |
| 11:30-13:00 | Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina / DNA preko interneta. Vizualizacija makromolekula. Sanja Tomić, Sara Matić |
| 13:00-14:00 | Pauza |
| 14:00-15:30 | Vizualizacija i analiza kompleksa. Molekulsko uklapanje. Luka Bilić |
7.12.2020.
| 09:30-11:00 | Zajedničko prolaženje kroz zadatke dobivene za rješavanje. svi predavači |
|---|