7/23/2014
Datum održavanja: 7/23/2014
Radionica o in silico metodama molekulskog modeliranja
Cilj ove radionice bio je upoznati istraživače čiji se rad temelji na eksperimentalnim pristupima, s komplementarnim, in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), te njihovoj primjeni u istraživanju raka. Na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih spojeva, modeliranje (kvantitativnog) odnosa strukture i reaktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion). Uz kratki opis temeljnih pretpostavka i teorijske pozadine prikazani su konkretni primjeri iz prakse.
U sklopu radionice polaznici su praktično sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također su bili upoznati s programina za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, VMD, Pymol). Radionicu su vodile dr. sc. Višnja Stepanić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koje u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju intrekacije kemijskih spojeva s biološkim molekulama proteinima i nukleinskim kiselinama u cilju razumijevanja njihovih mehanizama (npr. DPP III) i dizajna novih lijekova.
Program:
| 09:00-09:45 | Molekulsko modeliranje – što je to? Višnja Stepanić, IRB |
|---|---|
| 09:45-10:30 | Komparativno modeliranje proteina. Molekulska dinamika. Sanja Tomić, IRB |
| 10:30-11:00 | Pauza za kavu (pokrovitelj HDIR) |
| 11:00-11:45 | Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula. Višnja Stepanić, IRB |
| 11:45-12:30 | Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti svojstava kemijskih spojeva. Kontinuirani modeli. 1D-4D. Sanja Tomić, IRB |
| 12:30–13:00 | Klasifikacijski modeli. ADME. Molekularna sličnost. Višnja Stepanić, IRB |
| 13:00-14:00 | Pauza |
| 14:00-15:00 | Crtanje kemijskih spojeva i pretraživanje baza podataka s biološkim aktivnostima. Višnja Stepanić, IRB |
| 15:00-16:00 | Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina/DNA preko Interneta. Vizualizacija i analiza kompleksa. Sanja Tomić i Višnja Stepanić, IRB |
Radionica se održala na Institutu "Ruđer Bošković" u računalnoj učionici knjižnice V. krila, u srijedu, 23. srpnja 2014*.* g.