Uvod u molekulsko modeliranje

Cilj radionice je upoznati istraživače koji u svom radu koriste eksperimentalne metode s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), posebice s njihovom primjenom u istraživanju molekularnih osnova bolesti. Na radionici će biti predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva, modeliranje kvantitativnog odnosa strukture i aktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME/Tox obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology). Uz kratki opis temeljnih pretpostavki i teorijske pozadine, bit će dani konkretni primjeri iz prakse. U sklopu ove radionice polaznici će i praktično sudjelovati u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također će biti upoznati s programina za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, Pymol, VMD).

Radionicu vode dr. sc. Višnja Stepanić, dr. sc. Marko Tomin i prof. dr. sc Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koji u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog djelovanja i dizajna novih spojeva s biološkim djelovanjem.

Program