Uvod u molekulsko modeliranje

Cilj radionice bio je upoznati istraživače čiji se rad temelji na in vitro i in vivo eksperimentalnim pristupima, s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), i njihovom primjenom u istraživanju, posebice raka. Na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su komparativno modeliranje proteina, molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva, modeliranje kvantitativnog odnosa strukture i aktivnosti (engl. Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME /Tox - obilježja kemijskih spojeva (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology).

Uz kratki opis temeljnih pretpostavka i teorijske pozadine, bili su dani konkretni primjeri iz prakse. U sklopu ove radionice polaznici su i praktično sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Također su bili upoznati s programima za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa (ChemAxon, VMD, Pymol). Radionicu su vodili dr. sc. Višnja Stepanić, mag. chem. Marko Tomin i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković (IRB) koji u svom radu primjenjuju metode MM u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog djelovanja i dizajna novih lijekova.

Program:

09:00-09:45 Molekulsko modeliranje – što je to? Višnja Stepanić, IRB

09:45-10:30 Komparativno modeliranje proteina. Molekulska dinamika. Marko Tomin, IRB

10:30-11:15 Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti / svojstava kemijskih spojeva. kvantitativni modeli. 1D-4D. Sanja Tomić, IRB

11:15-11:45 Pauza (kavu sponzorira HDIR)

11:45-12:30 Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula. Višnja Stepanić, IRB

12:30-13:00 Klasifikacijski modeli. ADME. Molekularna sličnost. Višnja Stepanić, IRB

13:00-14:00 Pauza

14:00-15:00 Crtanje kemijskih spojeva i pretraživanje baza podataka s biološkim aktivnostima. Višnja Stepanić, IRB

15:00-16:00 Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina/DNA preko interneta. Vizualizacija i analiza kompleksa. Marko Tomin, IRB

Radionica je održana u petak, 24. studenog 2017. g. u računalnoj učionici knjižnice V. krila (1. kat lijevo) Instituta Ruđer Bošković (Bijenička 54, Zagreb) s početkom u 9 sati.