Uvod u molekulsko modeliranje

I ove je godine HDIR za širu znanstvenu zajednicu organizirao praktičnu radionicu na temu molekulskog modeliranja. Cilj radionice bio je upoznati istraživače koji u svom radu koriste eksperimentalne metode, s komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), posebice s njihovom primjenom u istraživanju molekularnih osnova bolesti.

Prvi dan na radionici su bile predstavljene neke od metoda MM-a koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su molekulsko uklapanje, molekulska dinamika, komparativno modeliranje proteina i virtualni probir aktivnih kemijskih spojeva. Također je bilo obrađeno i modeliranje odnosa strukture i aktivnosti (engl. Structure-Activity Relationship, SAR) te utjecaja fizikalno-kemijskih svojstava na ADME/Tox (engl. Absorption, Distribution, Metabolism and Excretion/Toxicology) obilježja kemijskih spojeva uz primjenu raznih metoda uključujući metode strojnog učenja. Uz kratki opis temeljnih pretpostavki i teorijske pozadine, bili su dani konkretni primjeri iz prakse. Drugi dan polaznici su sudjelovali u pretraživanju javno dostupnih baza podataka kemijskih spojeva i njihovih bioloških interakcija. Bili su upoznati i s upotrebom programa za vizualizaciju kemijskih spojeva i njihovih kompleksa, te molekulsko uklapanje liganada u ciljnu makromolekulu (ChemAxon, Pymol, VMD).

Radionicu su vodili dr. sc. Višnja Stepanić, dr. sc. Sara Matić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković koji u svom radu primjenjuju metode MM-a u istraživanju interakcije kemijskih spojeva s biološkim molekulama, proteinima i nukleinskim kiselinama, u cilju razumijevanja mehanizma njihovog biološkog djelovanja i dizajna novih spojeva.

Radionica je održana u živo na Institututu "Ruđer Bošković" u četvrtak i petak 2. i 3. prosinca te virtualno u ponedjeljak 6. prosinca 2021. g. s početkom u 9:30 h. Program

2.12.2021.

3.12.2021.

6.12.2021.