12/8/2022
Datum održavanja: 12/8/2022
Radionica o komplementarnim in silico metodama molekulskog modeliranja
Cilj radionice je upoznati istraživače koji u svom radu koriste eksperimentalne metode, kao i zainteresirane studente, s in silico metodama molekulskog modeliranja (MM), posebice s njihovom primjenom u istraživanju molekularnih osnova bolesti i otkrivanju novih biološki aktivnih spojeva. Prvi dan na radionici će biti predstavljene metode MM koje se često koriste u interdisciplinarnom istraživačkom radu, kao što su molekulsko uklapanje i virtualni probir spojeva, molekulska dinamika, komparativno modeliranje proteina te modeliranje odnosa strukture i aktivnosti ((Q)SAR). Uz kratki opis temeljnih pretpostavki i teorijske pozadine, bit će dani konkretni primjeri iz prakse. Nakon uvoda, slijedi praktičan rad kroz rješavanje zadataka. Za potrebe radionice sudionici trebaju donijeti vlastita prijenosna računala s prethodno instaliranim programima Microsoft Teams, Marvin (ChemAxon) i PyMOL.
Radionicu vode dr. sc. Višnja Stepanić, dr. sc. Antonija Tomić i prof. dr. sc. Sanja Tomić s Instituta Ruđer Bošković.
Radionica će se održati tijekom tri dana s početkom u četvrtak 8. prosinca u 9:30 h. Prva dva dana održat će se uživo u dvorani Ivana Supeka (I. krilo) na Institutu Ruđer Bošković, a u ponedjeljak 12. prosinca on-line preko aplikacije Microsoft Teams. Ukoliko se epidemiološka situacija pogorša, radionica će se u cijelosti održati on-line.
Za sudjelovanje na radionici potrebno je na račun HDIR-a (IBAN HR5023600001102084564) uplatiti kotizaciju u iznosu od 100 kn. Polaznici će dobiti potvrdu o sudjelovanju na radionici.
Sva mjesta na radionici su popunjena.
Program
8.12.2022.
| 09:30-10:15 | Molekulsko modeliranje – što je to? Višnja Stepanić |
|---|---|
| 10:15-10:45 | Osnove struktura makromolekula pohranjenih u bazi PDB. Sanja Tomić |
| 10:45-11:00 | Pauza za kavu |
| 11:00-11:45 | Molekulsko uklapanje. Modeliranje farmakofora. Virtualni probir aktivnih molekula. Višnja Stepanić |
| 11:45-12:30 | Modeliranje odnosa strukture i aktivnosti / svojstava. Kvantitativni modeli. 1D-4D. Sanja Tomić |
| 12:30–13:30 | Pauza za ručak |
| 13:30-14:15 | Računalno ispitivanje strukture i dinamike proteina. Osnove molekulske dinamike. Sanja Tomić |
| 14:15-15:15 | ADME. Molekularna sličnost. Analiza podataka. Višnja Stepanić |
| 15:15-15:30 | Pauza za kavu |
| 15:30-17:00 | Pretraživanje baza podataka i on-line predviđanje bioloških aktivnosti. Višnja Stepanić |
9.12.2022.
| 09:30-11:00 | Dohvat eksperimentalno određenih 3D struktura proteina/DNA preko interneta. Vizualizacija makromolekula on-line. Antonija Tomić |
|---|---|
| 11:00-11:15 | Pauza za kavu |
| 11:15-13:00 | Upotreba programa PyMOL za vizualizaciju makromolekula i njihovih kompleksa. Antonija Tomić |
| 13:00-14:00 | Pauza za ručak |
| 14:00-16:00 | Vizualizacija i analiza kompleksa proteina s malim molekulama. Molekulsko uklapanje. Višnja Stepanić |
12.12.2022.
| 09:30-11:00 | Prolaženje kroz zadatke dobivene za rješavanje. Antonija i Višnja |
|---|